Centralne Projekty Badawcze:
- Uchodźstwo, emigracja niepodległościowa 1939-1990 – dr Małgorzata Choma-Jusińska,
- Struktury i metody działania aparatu bezpieczeństwa w Polsce 1944-1989/90 – dr Justyna Dudek,
- „Solidarność” i opór społeczny 1956-1989 – dr Małgorzata Choma-Jusińska , dr Marcin Dąbrowski, dr hab. Jacek Wołoszyn,
- II wojna światowa i okupacja ziem polskich 1939-1944/45 – Patrycja Gustaw, dr Paweł Sokołowski,
- Dzieje Żydów w Polsce i stosunki polsko- żydowskie w latach 14917-1990 – dr Alicja Gontarek.
Oddziałowe Projekty Badawcze:
- „Dekada „Solidarności”. Region Środkowo-Wschodni w latach 1980-1989” – dr Marcin Dąbrowski,
- „Dzieje Lubelszczyzny 1956-1970” – dr Małgorzata Choma-Jusińska, dr Tomasz Osiński, dr hab. Jacek Wołoszyn,
- „Edycja źródeł wołyńskich” – dr Paweł Sokołowski,
- „Lubelszczyzna VII 1944- I 1945” – dr Małgorzata Choma-Jusińska, dr Marcin Dąbrowski, dr Justyna Dudek, dr Alicja Gontarek, dr Janusz Kłapeć, dr Tomasz Osiński, dr Paweł Sokołowski, dr hab. Jacek Wołoszyn, dr Wioletta Woś,
- „Zniszczenia wojenne Lublina w latach 1939–1944” – Patrycja Gustaw, dr hab. Jacek Wołoszyn.