Oddział Instytutu Pamięci Narodowej w Lublinie powstał w 2000 roku. Jego pierwszym dyrektorem był Andrzej Borys. Początkowo oddział miał siedzibę w budynku przy ul. Wieniawskiej 15 w Lublinie. Z czasem, z powodu ograniczeń lokalowych, IPN rozpoczął użytkowanie budynku przy ul. Szewskiej 2 oraz przy ul. Garbarskiej 20.
W 2016 roku oddział przeniósł się do nowej siedziby przy ul. Wodopojnej 2. Budynek ten, o powierzchni 3 tys. m², posiada trzy kondygnacje naziemne oraz jedną podziemną z parkingiem. Nowa siedziba została wyposażona m.in. w salę konferencyjno-wystawienniczą oraz bibliotekę liczącą 11 tysięcy woluminów. W nowym budynku znalazły się Oddziałowe Biuro Lustracyjne, Oddziałowa Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, Oddziałowe Biuro Badań Historycznych, Oddziałowe Biuro Edukacji Narodowej, Oddziałowe Biuro Upamiętniania Walk i Męczeństwa oraz administracja. Archiwum wraz z czytelnią pozostało w dotychczasowej siedzibie przy ul. Szewskiej 2, podobnie jak Oddziałowe Biuro Poszukiwań i Identyfikacji.
Dyrektorzy Oddziału IPN w Lublinie od 2000 roku:
- Andrzej Borys (2000–2006)
- Jacek Welter (2006–2011, 2013-2016)
- dr hab. Dariusz Magier (2016–2017)
- Marcin Krzysztofik (p.o. dyrektora 2011–2013, 2017–2021)
- Mateusz Kotecki (p.o. dyrektora, 2021–2022)
- dr Robert Derewenda (od 2022)